C'est à ce moment que les Sylvidres, une race d'humanoïdes végétales aux apparences de femmes, décident de conquérir la Terre. Mais à bord du vaisseau Atlantis, Albator et son équipage (composé entre autres et surtout de Alfred, Nausicaa, Bebop, Clio et le docteur Zéro), sont là, prêts à la défendre.
Albator, bien que considéré comme un pirate dont la tête est mise à prix, poursuivi par le commandant Vilak, fera notamment tout pour protéger la petite Stellie, fille de son meilleur ami défunt, Toshiro, et restée sur Terre... Notre héros sera vite rejoint dans sa lutte par Ramis, fils du Professeur Valente abattu par les Sylvidres, et qui a juré de venger celui-ci...